鸭蛋和鹅蛋体积大，单位重量表面积小，散热能力比鸡差。因此，鸡蛋在孵化的后半段必须冷却。具体方法如下：
用一个孵化器孵化时，每天打开两次门，从架子上取出孵化18~24天的蛋盘的2/3，25天后将蛋盘移至孵化位置，每天冷却两次蛋，每隔一段时间取出蛋盘。如果鸡蛋温度过高，请将蛋盘从机器中取出并放入机器中。一般来说，每次冷却鸡蛋的时间为30-40分钟，具体时间取决于实际情况。
当使用两个孵化器进行孵化时，在第1至15天在机器A中孵化，温度为37，7℃，湿度为65%，不需要冷鸡蛋；第16至26天在机器B中孵育，温度为37、5至37、7摄氏度，湿度为50%。每天定期取出蛋盘，将鸡蛋放在机器外冷却，并喷水两次。26天后，将鸡蛋移至机器A的孵化托盘中。
为了减少卵子冷却过程中的劳动，在孵化16-17天后，采用加强通风的方法，不仅可以排出卵子中多余的热量，还可以满足胚胎通风的需要。
